地方军事制度改革可以往后拖，但是有一件事情，却拖不得。
那就是枢密院成立后，奏疏是否要由内阁票拟的问题。
这是枢密院的事情被拖延了一个多月的原因，也是权力争夺的核心所在。
朱由检想要获得军事事务的快速决策权，自然是想要不经内阁直接发布中旨的。
但是袁可立等兵部大臣，却不同意这点――
他们虽然未来会成为枢密院的官员，却同样属于文官。在限制皇权的事情上，坚定地和内阁站在一起。
即使皇帝从内阁分出来的权力，要分享给枢密大臣。这些文官出身的枢密院官员，也对此仍旧不同意。
这让朱由检很无奈，同时也感觉到，这是文官的共识、或者说整体意志。
就像袁可立之前几乎拥有首辅的权力时，面对韩的打压默默接受一样。这些文官心里自有一套准则，不完全听从自己这个皇帝。
他设想的枢密大臣像内阁大学士一样为军事事务写票拟，没有得到枢密院群臣的支持。
文官都本能地维护内阁权威，用内阁限制皇权。
甚至，他感觉自己若非之前趁着群臣不在意取得了境外事务主导权，恐怕理藩院的事情，也会有得争执――
文官不想皇帝的行为超出控制，尤其是直接发出中旨。
他们恨不得把皇帝锁在皇宫里，一切听从他们的安排。
朱由检多番尝试无果、再加上承诺过不随意使用中旨，最终放弃了用枢密院制衡内阁的想法，转而把六科并入大理寺，设立了独立的大理院――
大理院最终拥有的权力，将会接近门下省。能对实际上相当于中书省的内阁，稍微形成制约。
如今，随着五院方案被通过，枢密院在成立完善，奏疏的事情也必须有个定论，以便朝廷运转。
朱由检召集群臣开会，专门解决此事。他最核心的诉求，是在军事上拥有快速决策权。以便能处理越来越频繁的战事，维护大明存在。
面对皇帝的要求，韩提出了一个办法，那就是保留戡乱委员会，以大学士秉笔票拟。军事方面的事务，都能由皇帝和这位大学士决断。
朱由检皱了皱眉，说道：
“戡乱委员会继续保留。”
“但是它是跨部门协调机构，职责不完全属于枢密院。”
“朕以为当派一到两位大学士去枢密院值班，分管军事方面的奏疏，可以不经首辅，直接递到朕前。”
这个想法提出，内阁首辅黄立极，仍是老神在在。
似乎皇帝提出的事情，和他无关一般。
内阁次辅韩，那就很不情愿了。
他已经把首辅位置视为囊中之物，怎么愿意皇帝削夺内阁首辅之权？
所以他斟酌之后，说道：
“臣以为军事奏疏由专职大学士分管即可，不必去枢密院值班。”
“枢密院在宫门之外，奏疏递进宫里，还是要经内阁。”
这就是内阁的便利之处了。
其它外廷衙门都在宫门之外，只有内阁在宫里，就在文华殿前面。
皇帝有什么旨意，能够很方便地唤他们过去书写。内阁的权力也因此越来越大，甚至反客为主，把不经过内阁的旨意定为中旨，文官拒不接纳。
如今，朱由检想通过把内阁大学士派去枢密院值班的办法，绕过这个流程，遭到韩等人的抵制――
他们认为无论如何，奏疏都应该经过内阁票拟。
朱由检和他们磨了很久，虽然没听到大臣激烈反对，却发现很多臣子像韩一样，对自己这个想法软抵抗。
就连不反对的黄立极等人，也没有提出支持。
因为他们内心，也不赞同这个。
这让他只能放弃这个想法，说道：
“那就换一种方式。”
“为一到两位大学士加枢密大臣衔。”
“他们在接到军事奏疏时，可以直接面圣，并且拟定旨意。”
“韩学士觉得如何？”
听到皇帝做出了让步，还特意点出自己的名字，韩知道自己最好也要让一下――
否则有可能被皇帝认为自己不能合作，不任命自己担任辅政大臣。
所以他斟酌之后，觉得这对首辅的权力有削夺，却仍只得同意，说道：
“若有紧急事务，这样做未尝不可。”
“臣以为应该限定在军事机密事务，寻常的军事事务则不必这样。”
朱由检听着这番言论，又冒出一个想法，说道：
“韩卿此言甚好！”
“朕之前就让通政司成立公文处，并且让锦衣卫保密司入驻，负责军情机密和银章密奏事宜。”
“现在看来，应该更进一步，在公文处下面成立军机科，专门负责军事机密类奏疏。”
“其它财政、礼法、藩属等事务，也应专门分科。”
“选择可靠人员，去通政司任职。”
这个提议说出，通政使吕图南眼前一亮。
要说这次五院调整中最受伤的是谁，那是非他莫属了。
原本通政使和大理寺卿排在九卿最后，级别同是正三品。通政使地位还高一点，稍微高于大理寺卿。
结果这次五院调整中，通政司丝毫没变化，甚至没有和六部等衙门并入政务院。
大理寺却摇身一变，成为了五院之一的大理院。
虽然在五院中排行第四，和政务院、枢密院这东西二府不能比。但是大理寺的官职，却实实在在提升了品级。大理寺的官员，也有了更高的提升空间。
与之对比，通政司职官几乎没有变化。只有杨嗣昌凭借个人能力，被调入了枢密院。
尤其是曾经归属通政司的六科，这次被划给了大理院。吕图南这个通政使，对此实在很伤心。
现在，他这个通政使不但排在九卿最末，甚至有声音冒出：说通政使这个正三品官职撑不起九卿的名号，应该把九卿的称呼，让给同属五院的理藩院掌院。
如今皇帝终于想到通政司，这让他有些激动地道：
“臣以为科级实在太低，应该把公文处提升为公文厅，下设军机处、财政处、礼法处、藩属处等处，分管相应奏疏。”
“将来奏疏到达通政司后，由公文厅处理，送给分管的大学士。”
这样一个流程，和以前相差不大，但是通政司却多了一个分类权。下面也增加了一些机构，能让通政司的官员稍有慰藉。
朱由检点头认可，觉得这有利于自己给大学士分工，而且没有给内阁增加僚属，没扩展内阁的权力。
所以他当即就下令道：
“通政司分类后的奏疏，可通过内廷文书房，直接交给分管大学士。”
“每个处的奏疏由一到两位分管的大学士写好票拟后，再由其他大学士处理，并最终由首辅确认。”
“保密司派人担任副厅长，专门负责机密奏疏。”
“军机处的奏疏，可以由分管的大学士直接呈递御前。”
“因为涉及军事机密，存放地图、沙盘的武英殿要专门分出房间，处理军机处事务。”
“所有机密奏疏都要由能接触机密的人负责，并且做好记录。”
“万一出现泄露，朕会严惩不贷！”
对于保密的重要性，朱由检是一再强调。
随着群臣对锦衣卫保密司的适应，保密工作也逐渐深入。
朱由检之前对保密司的设想，正在一一实现。
韩听着皇帝和通政使一唱一和，确定这些事情，这让他心中很是有些无奈。
放在以前，通政使这样的小人物根本不被他看在眼里，除了九卿的虚名外，通政使连侍郎都比不上。
但是当今皇帝却给虚名的九卿实权，通政使作为九卿之一，有了参加常参会议、九卿廷推等权力。
如今很多人都认为九卿相比大学士也不遑多让，他这个内阁大学士，面对通政使的时候，也得客客气气。
所以面对吕图南的话，韩没有直接反驳，而是认真思索，对自己的利弊。
通政司奏疏分类的事情，让韩略微皱了皱眉头。
因为奏疏被通政司分好类别后，首辅就没有了给大学士分配奏疏的权力。这些奏疏会直接交给分管的大学士，首辅只能在其处理好后，进行二次处理。
这是对首辅权力的削弱，对以后的首辅很不利。
同时，皇帝在内阁设立军机处，让负责军事事务的大学士在武英殿处理军事机密，也是对内阁的分化――
时间久了，不在一个地方办公、而且都有票拟权力的两拨人，有可能变成两个衙门。
这需要的时间可能很长，但是皇帝有足够的耐心。因为他还年轻，能耗得过群臣。
韩不得不感慨，当今皇帝实在是太聪慧，脑子也实在太灵活，一计不成就又是一个计策，让人目不暇接。
他想明白了这些，黄立极等人却没想明白。或者说有的人想到了，却并没有在意――
毕竟这都是以后的事情，和他们有什么关系呢？
就连韩，对皇帝的这个想法也没有继续反驳。因为他之前的表现，已经足以对文官交待：
不管怎么说，票拟的权力都被他留在了内阁。以后的事情怎么样，让以后的大学士争取。
朱由检见自己的提议终于被通过，心中感慨这件事的不容易。
但是不管怎么说，他都有了在军事事务上的快速决策权，以后处理军务时，会更从容自在。
所以他很快下令道：
“东阁大学士徐光启，这一年来勤勉任职，以编练新军、监护朝鲜等功绩，加衔正二品议政大臣，同时加正二品枢密佥事衔。”
“转为武英殿大学士，以后入直武英殿，负责军机处奏疏。”
“中极殿大学士、弼政大臣施凤来，加从一品枢密同知衔，同样负责军机处奏疏，和徐光启一起值班。”
这个任命，让群臣吃了一惊，就连施凤来也有些意外。
徐光启负责军机处事务，并不出群臣意料。因为当前的大学士之中，只有他一人懂军事，并且在编练新军。
戡乱委员会中，他也是秉笔票拟的副主任。处理军机事务，可谓顺理成章。
但是施凤来这个人选就让人有些意外了，他是韩入朝前的内阁次辅，但是因为主持会试的事情，颇是灰头土脸。
虽然皇帝没有明说，也并没有斥责他。但是会试草榜名单被皇帝否决，却是很多人都知道的事情。甚至恩科设立，也和这件事有关。
施凤来因为此事，在阁臣中声望大降。又因为在救灾等事务上不合皇帝心意，在内阁中越发默默无闻。
就连次辅的位置被韩夺走，他也没闹出什么动静。似乎是打算和黄立极一样，得过且过混两年。
没想到，就在他认命的时候，被皇帝任命负责内阁军机处。以后军机事务，就是他和徐光启说了算。
这让他如何不大喜过往，立刻向皇帝谢恩。
韩则皱了皱眉头，隐隐猜到皇帝是为以后做打算。
看起来，皇帝是有让他接任首辅的意思，但是分了个次辅，去武英殿值班。
这个次辅的权力虽然远远不如首辅大，但是在军机事务上，却能和皇帝独立决断。
再加上另一个在维护张皇后上有功、留任可能性极大的李国普，皇帝是打算用这两个人，在内阁制衡自己。
这让内心之中，一时不知道是喜是忧。
喜的是皇帝有意用自己，不抵触自己担任辅政大臣。
忧的是皇帝对自己不放心，要留两个阉党牵制。
这让他甚至有一股冲动，在审判逆案的时候，把施凤来等人定为附逆大臣。
不过，想到皇帝已经审查过朝堂上的大臣，并且做过处置。他只能按纳下这个想法，接受这个任命――
不管怎么说，皇帝还是愿意用他的。
施凤来、李国普最多给带来麻烦，而不可能抗衡。
这两人身为阉党余孽，被很多文官抵制。
没料到韩因为自己任用施凤来，联想到这么多事情。朱由检自己心里，其实并没有那么多想法。
只是他觉得施凤来曾经反对过魏忠贤摄政，自己怎么也要优待一下。
还有就是徐光启的资历浅，需要施凤来挡风遮雨。
有施凤来顶在前面，即使军机处出了问题，也能拿他顶雷。
至于军机处的实际事务谁说了算，能逢迎魏忠贤的施凤来，自然知道该怎么办。
自此，在外面政务院和枢密院分设、军政两分之后，内阁大学士中，也隐隐出现了军政分别。
在武英殿值班负责军机处的大学士，虽然名义上还属于内阁，但在实际上面，却和其他内阁成员有区别。
朱由检通过对内阁的分化，进一步获得了军事事务的主导权。