朱由检之所以对李三才全面否定，是因为他最痛恨这种人的行为。
以李三才为代表的部份文官，在夺权上很有一手。甚至还很会经营名声，得到朝野赞誉。
但是细数功绩，这些人又没做出多少。例如李三才在夺取漕运总兵的权力之后，根本没有能力治军――
漕军兵马十二万，沿岸一百多个卫所，在朱由检看来是很强的力量。但是在李三才等文官手中，基本上被废弃。
所以在了解到漕运的现状后，朱由检坚持复设漕运总兵，并且使用武勋。
这自然引起了文官反弹，户部尚书毕自严道：
“昔年漕运总兵存在时，多有不法之事，随意役使军卫。”
“而且久裁而复，应当从长计议。”
朱由检仍旧还在气头上，斥责道：
“漕运总兵纵有不法，也不会放任漕帮坐大。”
“朕最痛恨的就是某些官员只知夺权，却从不思量有没有能力运用权力。”
“但凡漕运总督能够好好治军，朕何至于在朝堂上讨论漕帮之事？”
“漕运总兵复设势在必行，专门负责管理漕军。”
“漕运总督兼任漕军护军使，下设护军都尉，协调漕军和沿途府县的关系。”
这番话语让一些文官脸面无光，却又放下了心。
因为皇帝复设的不是以前位在漕运总督之上的总督漕运总兵官，而是专管漕军的漕运总兵。两者的地位最多平行，甚至漕运总兵还低一些。
文官夺取的漕运权力基本还在，只是分出了治军权力。
所以他们对皇帝拿李三才指桑骂槐，指责一些文官的行为，只能默默听着。
甚至一些人心里，觉得皇帝的评价没错，以李三才为代表的部分文官，就是那样的人。
就连曾经为李三才辩解的刘宗周，这次都没有再辩解。
顾宪成曾经把李三才和孔子相比，他的后继者钱谦益，此时也没有在这上面发言。
在紫阁功臣和紫阁贤臣设立后，群臣现在大多都有了一点谱，知道什么样的事情，在皇帝眼中算功绩。
李三才纵然名高，在抑止税监、体恤民情上很受赞誉，但是和其他功臣贤臣相比，却真的没有什么拿出手的功绩。
皇帝对他的全面否定、甚至拿他做李化龙的反面，让一些臣子心中凛然，知道当今皇帝需要能干事的臣子。只有做出实事，才有名列紫阁的机会。
朱由检发泄一通，告诫群臣用心做事之后，选择见好就收，不引起更大的反弹。
接下来他和群臣议定，明确漕运总兵和漕运总督的职责。并且在下面设立三个协同督运参将和护军都尉，分别负责北直隶、山东、南直隶境内河段。
对于三个参将，朱由检具体要求道：
“三个参将要从漕军中挑选精兵，建立至少六千人的参将营。”
“将来南北直隶、山东、河南等临近运河的地方发生变乱，朝廷第一个要调遣的，就是这三个参将营。”
“以后他们要以运河为依托，训练快速机动能力。”
把运河当做后世的铁路看待，朱由检不但没有废弃，还加强了漕运衙门的权力。设立独立的税务司、廷尉署、卫尉署等机构，负责税收和司法执法工作。
并责令兵部尚书袁可立为三个参将营划定防区，制定地方出现变乱时的调兵顺序。设立航运公司，安抚和漕运有关的利益集团：
“海运和漕运虽有竞争，却不是你死我活的关系。”
“纵然以后海运成熟了，运河也不可能被废弃。”
“它的作用不止是运粮，还有调兵、运货、运人等用途。”
“漕运衙门以后要设立运河航运集团，和沿途卫所合作成立航运公司。”
“漕粮削减后的运力，运河航运集团可自主经营，和下属航运公司分享利益。”
这个决定，让一些和漕运有关联的官员，顿时喜形于色。
因为漕运最大的运力，都用在运输漕粮。负责漕运的官员纵然想夹带，也不敢肆无忌惮地侵蚀漕粮运力。
如今皇帝把漕粮削减后的运力让出来，让他们成立公司自主经营。这对所有和漕运有关的官员来说，都是一件大好事。
代表着他们的夹带从地下走上台面，可以光明正大地使用漕运。
而且运河沿线设立的三个参将营，也表明了皇帝的态度――
为了南北直隶和山东、河南的安稳，运河也不可能被废弃。
这让很多支持漕运的官员放下了心，转而拥护海运。毕竟海上能运输的粮食越多，漕粮运力就能更多地空出来。
可以说这个时候，海运真正的成为朝堂共识，再无丝毫阻力。
尤其是工部的官员，他们最支持漕粮转为海运。以前为了保住漕运，他们在治河时有很多顾虑。如今皇帝虽然明确运河会继续保留，但是运货运人等事，到底不如漕粮紧要。他们在治河的时候，就有更多的发挥空间。
所以群臣你一言我一语，纷纷在朝堂上，表态支持海运。
唯有户部的官员，对无法插手海运还是心有不甘。毕竟以前在运河上的漕运总督和天津巡抚，都有户部加衔。海运上没有户部官员存在，让他们感到不放心。
为了让户部的官员支持海运，朱由检考虑之后，又下令道：
“海运关乎粮食安全，海关更是关乎赋税。”
“这两项事务主要是海军护军使管，以后海军护军使加户部右侍郎衔，每月至少要回京城户部一次。”
“毕尚书、郭寺卿，这下你们该满意了吧？”
毕自严和郭允厚听到这话，顿时知道这是皇帝对他们的敲打，责怪他们前段时间放任漕帮闹事。
不过海军护军使加户部右侍郎衔，而且每月还要至少回京一次，也确实让户部有了插手海军衙门的机会。
这让他们对皇帝的处置心服口服，跪在地上谢罪。
朱由检稍微敲打了一下，没有继续责罚。毕竟分税制和催收积欠等事，都需要他们出力。
最终漕帮闹事的责任，落在了漕运总督郭尚友身上。远在淮安的郭尚友，遭到飞来横祸，被皇帝以管束不力为由撤职。
但是朱由检没有弃用他，而是以自己对海外戒严区的决定权，设立暂时驻扎在东宁的南洋巡抚一职，任命郭尚友担任――
他希望郭尚友这个和运河商人比较熟悉的官员，能带动一些运河上的商人，把目光投向海外。
同时用南洋巡抚一职，协调郑芝龙等人对南洋的开拓，把南洋粮食北运。
空出的漕运总督一职，因为按任期制会在明年更换。这个临时人选，由九卿大臣廷推。
这番三下五除二，解决了漕帮之事，甚至更换了负责漕运的最高官员。所有参加会议的官员，心中感到凛然。认为皇帝既没有放纵，也没有乱了阵脚，因为漕帮之事，影响朝堂安稳。
而且皇帝对漕运、海运、文官、武勋、朝堂、地方的平衡，让一些人越想越觉得精妙，心中十分赞叹。
相比皇帝的这些手段来说，李三才当年夺取漕运总兵的权力后都没分配好，确实称得上不会运用权力――
但凡他对漕军稍微重视点，分配好漕军的防区，漕运上的事务就不会如此混乱，让漕运衙门不能完全控制的漕帮壮大起来。
所以新任的漕运总督，九卿觉得应该推出个干臣。以免文官继续被皇帝轻视，认为他们不会运用权力。
最终，东林党的干将，曾经担任过左副都御史、户部添设右侍郎的郑三俊，被群臣廷推起复，担任漕运总督。
朱由检知道这个人，还知道他是很多东林党后起之秀的老师，因此不愿在朝中任用他，以免东林党有了后继者，更加势大难治。
但是在地方上，朱由检还是愿意任用郑三俊的。毕竟人才难得，郑三俊在督学、督粮上都有政绩。
所以他认可了这个任命，地方东林党大员，又多出了一位。