听到孙承宗的质问，祖大寿心中一凛，知道不好交待。
作为一名武将，他是没有权力和建虏私自通信的。
袁崇焕担任辽东巡抚的时候，他和建虏的联络还可以说是奉了上级命令。
但是在袁崇焕调走后，他不把这件事告诉辽东督师王之臣，反而把负责联络的建虏藏在自己家中，实在说不过去。
单凭这件事情，孙承宗定他个通敌罪名，他就没法喊冤。
所以，祖大寿只能拿王之臣和袁崇焕的矛盾说事，辩解道：
“王督师反对议和，是以袁巡抚调走之后，末将不敢把这件事情告诉他。”
“这个负责沟通的银定，末将也只能藏在家里，不让他继续联络。”
“如今督师上任，末将正打算把这件事告诉督师。”
“还请督师明鉴，末将绝没有私通建虏之意。”
孙承宗听他狡辩，又是一声大喝，斥责道：
“说来说去，还是你私下在做这件事。”
“无论是私自窝藏建虏，还是没有及时申报军务，都要按律治罪。”
“本官把你革职，你可心服口服？”
祖大寿内心如何肯服，但他知道自己若敢反抗，说不定孙承宗就会请出尚方剑，把自己当场斩了。
所以他只能咬着牙道：
“督师处置，末将怎敢不服？”
“惟愿督师知道，这件事非末将私自所为。”
“请督师向袁巡抚询问，证明臣的清白。”
孙承宗正色说道：
“袁崇焕那里，本官自会发去公函询问。”
“现在就委屈你一阵子，配合锦衣卫调查。”
让张道浚、骆养性等人，把祖大寿带下去审问。
营中将领看到，都是议论纷纷。
祖大寿作为副总兵，又是标营主将，他们实在想不到，这样的人竟然有通虏嫌疑。
当即就有人表示不服，认为祖大寿是奉命行事，不能定为通虏。
还有很多将领，认为祖大寿虽有过失，却并不算什么。而且祖大寿屡立战功，即将升任总兵官。希望孙承宗看在之前的功劳上，让祖大寿戴罪立功。朝廷不能因为一点莫须有的罪名，就让将领寒心。
这让孙承宗听得很不舒服，眉头皱得更紧。
此时，他是真的明白了，皇帝为何对辽东将门不放心，让他上任之后，一定要迁移辽东将门。
这些辽东本土的将领待在这里久了，早已经变得有些不知敬畏。
如果任由他们抱团壮大，以后的辽东兵马，就不是朝廷所有，而是被他们当成私兵。
这是孙承宗当初提出“以辽人守辽土”时，绝对没有想到的。
难怪皇帝说现在是“以辽饷养辽将”，让他来收拾这些人。
『幸好以辽人守辽土还没实行几年，军中还有很多外地将领。』
『现在收拾他们，没有那么多顾忌。』
得益于当年天下兵马援辽，如今的辽东军中，外地将领很多。
反而是祖大寿这样的本土将领，仍旧还是少数。
所以孙承宗对处置祖大寿没有多少顾忌，看着这些吵吵嚷嚷的将领，呵斥道：
“肃静！”
“祖大寿通虏之事，本官自会查明，给所有人一个交待。”
“只要他祖大寿没有背叛大明，本官就不会让他被锦衣卫枉杀，伤了陛下圣德。”
“尔等各司其职，一定要严防建虏。”
向众将保证了祖大寿的安全，又警告他们不要搞事――
如果建虏来了，祖大寿通虏的罪名就会坐实。
他们抵御不住，也会被视为通虏。
这番话恩威并施，让众将知道了其中的危险，各种议论声音，总算小了下来。
和建虏打了多年的仗，辽东将领之中，虽有祖大寿这样的议和派，更多的却是和建虏仇深似海、想要消灭建虏的。
此时，他们就想到了祖大寿通虏的可能性，担心建虏得知后会趁机捣乱，甚至派兵来攻。
这些人想明白后，纷纷接受孙承宗的命令，警惕建虏来袭。
再加上李性忠的帮助，祖大寿被捕的事情，在标营平息下来。
不过事情传出后，这件事在辽东军中，还是引起了很大风波。
因为辽东本地的将领，除了总兵朱梅之外，就属副总兵祖大寿官职最高。
而且因为朱梅的家族人少、后继无人，根本称不上将门。祖家却人丁兴旺，已经发迹数代。
祖家世袭宁远卫军职，在宁远根深蒂固。而且在万历年间，祖大寿的祖父祖仁就官至总兵，祖大寿的父亲祖承训，也当过副总兵官。
如今的辽东军中，祖家除了有祖大寿这个副总兵外，还有祖大弼、祖大乐等族人在军中任职，祖大寿的妹夫吴襄，也是他的部下。
可以说，现在的祖家，就是辽东第一将门。虽然不如当年李成梁的李家，却也不容小觑。
祖大寿突然被革职、而且被锦衣卫问罪，自然让祖家人不安，引起一阵动荡。祖家族人亲戚、各种交好的人，都纷纷走动关系，向孙承宗求情。
甚至有很多辽东本土将领，不知是兔死狐悲还是什么原因，同样为祖大寿辩解。
这让孙承宗承担了很大压力，更坚定了迁移辽东将门的心思――
不把这些人迁走，他们在军中的影响力会越来越大，影响朝廷掌控。
现在这些人的影响力还不够，正好适合迁移。等他们影响力大了，那就更麻烦了。
甚至，孙承宗心中还庆幸，皇帝早早发现了这个问题，没有让辽东将门的事情，变得不可收拾：
『再过几年，祖大寿等人升任总兵，事情就不好办了――』
『即使我有尚方剑，也不能随意处置。』
尚方剑的职权是总兵以下不用命者军法从事。
总兵这一级的将领，在没有朝廷命令时，孙承宗是不能随意处置的。
副总兵距离总兵虽然只差一级，却可以用尚方剑处置。
所以孙承宗把祖大寿革职时毫不犹豫，祖大寿也不敢反抗――
真敢对抗的话，孙承宗就可以请出尚方剑，当场把他斩杀。
所以祖大寿只能束手，接受锦衣卫审问。
如果祖大寿升任总兵，那就不一样了。尚方剑无权处置总兵，孙承宗必须把有关他的事情上报给朝廷，由朝廷决定如何处置。那样就会有很多变数，孙承宗在面对祖大寿时会有重重顾忌。
可以说，现在这个时候，就是祖家蜕变的临界点――
一旦祖大寿按功劳升任总兵官，收拾祖家的难度，就会完全不同。
不过朱由检登极后，因为对祖大寿一直怀着疑虑，祖大寿晋升总兵的命令，自然被他被压下。
作为副总兵的祖大寿，可以被孙承宗直接拿下。然后以祖大寿为突破口，从容收拾祖家。
在拿下祖大寿后，孙承宗明显察觉到，辽东本土将士有些军心浮动。所以他很快把自己带来的欠饷，向将士发放下去。
这个行为，很快收伏了他们的心。祖大寿被捕的风波，慢慢平息下来。
至此，孙承宗终于松了一口气，又让张道浚施展手段，逼迫祖大寿同意迁移的事情。向他许诺只要答应迁徙，通虏的事情就不会被追究，会交给朝廷处置。
此时，祖大寿已经回过味来，知道自己是撞在了朝廷整顿辽东将门的枪口上，所以才被追究通虏之事。其中目的，无外乎是逼祖家迁居关内，不再留在宁远。
如此一来，祖家在宁远的影响力，自然会慢慢消退。他这个副总兵以后即使留在辽东，也只是普通的副总兵。不会像以前那样，隐隐是辽东将门第一人。
这让他的心中，自然非常不甘。知道祖家迁移后就是失去根基，丧失如今地位。
但是通虏的罪名压下来，他又能怎么办？
如果朝廷追着这件事不放，他本人可能被问罪不说，整个祖家都有可能受牵连。
所以思来想去，祖大寿同意了迁移之事，告诫探监的祖家族人，配合朝廷命令。
祖家屈服之后，依附他们的吴家等家族，同样开始屈服。迁移辽东将门之事，自此再无阻力。
对于辽东军中的议和派，孙承宗也按皇帝的要求，对他们加以打击。在军中宣扬“驱除鞑虏，恢复辽土”等口号，从思想上根除议和派。
不过因为议和的事情，主导者是袁崇焕。如今袁崇焕不在，这些人无法定罪。再加上孙承宗不想把事情做绝，所以他把沈等人和祖大寿一样，交给朝廷处置。
十二月二十五日，这些消息便被送到京城，朱由检终于知道了辽东发生的事情。
收到孙承宗和锦衣卫的奏报，朱由检十分喜悦。祖大寿被轻易拿下，祖家也按朝廷要求迁移关内，说明辽东的局势和他预想的一样，没有到不可收拾的境地。
如今的辽东兵马，仍旧被朝廷掌握。以这支兵马的战斗力，即使其它地方全乱了，也能把天下重新打下来。
历史上，崇祯皇帝数次打败农民军，很大程度上依靠了辽东兵马。
再加上曹文诏、周遇吉、黄得功等人出身辽东的事情，让朱由检认识到当今天下的精兵强将，大多聚集在辽东。所以，他决定加强对辽东兵马的掌控，对配合朝廷政策的祖大寿等人，同样施加恩典：
“通虏议和之事，既是袁崇焕主谋，祖大寿就称不上主犯。”
“如今是用人之际，朕允许他戴罪立功。”
“传旨，让祖大寿率本部兵马去陕西，辅佐陕西巡抚孙传庭组建陕西标营，负责剿匪之事。”
“若能再立新功，朕不吝封爵之赏。”
把祖大寿调任陕西，带着部下前去。
这个任命，是朱由检深思熟虑的结果。
因为祖大寿在历史上反复横跳的事情，朱由检对他的忠心是怀着疑虑的，尤其不放心把他放在辽东前线。
但是放在其它地方，那不需要有多少担心了。以祖大寿的地位，他不可能放着荣华富贵不要，投靠不成气候的农民军。
而且他的领兵作战能力，也是目前的陕西兵马所欠缺的。
只要以祖大寿和他的部下为核心，陕西能很快组建一支精兵，对农民军作战。
所以，朱由检在祖大寿屈服后，便决定继续用他，只是调任陕西。
这个旨意，在朱由检和袁可立沟通后，很快便被下发。
祖大寿在进京的路上得到消息，激动得热泪盈眶，总算放下心来。
虽然他料想到只要自己屈服，朝廷不会拿自己和祖家怎么样，但是在得到确切消息前，总归有些不放心。
而且，更让他惊喜的是，自己没有革职，还仍旧是副总兵。去陕西也是担任主将，负责陕西标营。
这样一来，他立功的机会就大了。皇帝许诺的封爵之赏，也有可能实现。
祖家其余人得知这个消息后，心情同样很是激动。祖大寿被抓、祖家被迫迁徙，他们心中更是不安。担心祖家就此败落，以后一蹶不振。
如今看来，皇帝没有重惩祖家的意思，只是让他们换个地方，以后移居关内。
“关内好啊，不用再提心吊胆，担心建虏打过来了。”
“他们无论如何，也打不到关内。”
祖大乐安慰族人道。
事已至此，多想也是无用，还不如苦中作乐，让族人更宽心点。
又吩咐祖大寿家仆祖宽道：
“承蒙陛下恩典，允许兄长带部下去陕西。”
“你去把家丁召集起来，跟随兄长前去。”
祖家被称为将门，当然拥有家丁。这些用丰厚赏赐和饷银养起来的精兵，是祖家立功的根本。也是祖大寿、祖大乐看到皇帝的旨意后，放宽心的原因――
连家丁部下都让带去了，明显是给他立功的机会。所谓的封爵之赏，也并不是虚言。
却不知朱由检是担心祖大寿的部下留在辽东的话，仍有可能通虏。所以让祖大寿带去陕西，隔离和建虏的联系。
对于参与议和的沈等人，朱由检同样按这个办法处置。把他们调去西北、西南，和建虏远远隔开。
在朝廷改变对建虏的政策前，这些人不可能获得重用、不可能回到辽东。
可能只有在朝廷想策反建虏中的一些人时，他们才可能被启用，重新建立联络。
袁崇焕议和留下的遗毒，自此开始肃清。辽东上下的思想，重新统一起来。