不知道自己起复王永光刺激到了苏茂相，朱由检任命黄克缵担任南京兵部尚书之后，又下令推选侍郎。
这个人选在朱由检表示起复旧官后，终于被东林党扳回一局，廷推前任兵部左侍郎张凤翔担任――
现在东林党也不计较南京职位是不是没有实权了，先把人起复了再说，不能让朝堂上充斥着非东林官员。
朱由检对张凤翔这个名字没有什么印象，不知道他后来被列入《贰臣传》。看到张凤翔年龄刚过五十，知道这是个年富力强的，能够辅佐已经年迈的黄克缵。
所以他当即任命张凤翔担任南京兵部左侍郎，安抚一下东林党。
南京刑部尚书潘浚、右侍郎杜士全没有附逆行为，被朱由检原职留任。
南京工部就比较乱了，现在的南京工部尚书，理论上是两广总督商周祚担任。两广总督一职，则由南京工部右侍郎李逢节接任。
实际上呢，商周祚仍在担任两广总督。李逢节这个人在哪，没有人能说清。
对此实在无语，朱由检想了一下，决定让商周祚继续留任两广总督，以安稳地方为先，下令道：
“商周祚改为加衔南京兵部尚书，继续担任两广总督。”
“李逢节从广东调出，职位以后任命。”
“现在廷推南京工部尚书。”
这又是个尚书，在朱由检先前明确表示要用中立派的情况下，大臣廷推前任户部尚书李长庚为正推。
这个人是有能力的，而且非常实在。他在担任山东巡抚的时候，辽东正好起了战事，需要往辽南运输物资。他最初反对登莱海运，发现可行之后，很快就改口了。后来还担任天津巡抚为辽东督饷，曾亲运海饷至辽。
朱由检看着他的履历，觉得比较满意，当即任命了此人。
至于南京工部右侍郎，是张维枢担任。此人也是晋江人，这让朱由检眉头微皱，觉得朝中的晋江人实在太多了，说不定就形成晋江党，值得自己警惕。
不过张维枢没有附逆行为，尤其是拒绝建祠，让朱由检很是赞赏，仍旧把他留任。
至此，南京六部高级官员齐备。至于下属官员，朱由检没打算设置那么多。毕竟南京朝廷只是备份，有个架子能迅速补充即可，平时没必要耗费钱粮养很多官员。朱由检道：
“南京六部事务不多，以后不必要的下属机构就撤了，现在的官员转任后，不用任命官员接任。”
“六部各设司务厅，以正六品主事管辖，负责日常事务。”
“司务厅由尚书直管，根据需要设处。例如吏部的文选司、验封司、稽勋司，在南京事务不多，就在司务厅设文选处、验封处、稽勋处，以正七品知事管辖。”
“唯有考功司，负责考察南京官员，仍旧设司，以正五品郎中管辖。”
“其它各部，同样照此办理。”
这是对南京属官大裁撤、或者说降低级别。群臣要说不心疼是不可能的，毕竟官位少了，官员的竞争压力就更大。
但是要为这个反对皇帝的决定，似乎也犯不着。毕竟南京官员很清闲，事情没有多少。年轻的官员不愿去南京当属官，年长的官员大多位高权重，更不可能去当属官。
所以朱由检这个决定，在群臣的默认下，算是就此通过。
朱由检随即命令北京吏部同样设司务厅，下设编制处，专门负责编制调整事宜。南京吏部司务厅同样设编制处，负责南京衙门编制。
同时，因为北京朝廷被他增设了几个寺，吏部尚书房壮丽询问南京朝廷是否需要增设。
朱由检考虑之后，决定道：
“南京太仆寺，实际作为南方行太仆寺。”
“南京卫尉寺，由南京锦衣卫兼任。”
“南京少府寺，负责南京文思院和龙江提举司、清江提举司等机构，主要负责造船。”
“南京大理寺、太常寺、鸿胪寺、光禄寺、宗正寺，设少卿一人、司务厅主事一人，负责日常事务。司务厅下属是否需要设处，看其职责安排。”
“南京通政司同样只设右通政，设司务厅管辖事务。”
“南京都察院要负责南京衙门监察，以后再具体调整。”
“南京还有什么重要职务？”
房壮丽回道：
“南京国子监，也就是南京太学，多有学子在内。”
“还有提督操江一人，以副、佥都御史为之，领上、下江防之事。”
“提督操江刘志选，劾张国纪以撼中宫，倾摇母后，驱逐戚臣，已被定为逆案第三等。”
这是阉党罪名最高的人之一，排在第三等附逆首位。
除了首逆和首逆同谋外，刘志选、梁梦环罪名最高，就是因为这两人曾经参劾张国纪，试图动摇中宫。
朱由检作为被张皇后支持登极的皇帝，当然要投桃报李，严惩这两个人。
刘志选被拿下后，提督操江职位空缺。朱由检想了一下，没有在常朝上任命，打算以后选个勋贵担任。这个职务本来就是勋贵担任得多，不能让文官夺了去。
所以他略过这件事，说道：
“南京各衙门编制确定后，先安排现任官员，再任命空缺职位。”
“现在的应天巡抚和应天府尹是谁，负责什么事务？”
房壮丽道：
“应天巡抚李待问，驻苏州，总理粮储提督军务。”
“应天府尹周维京，由浙江左布政使升任，负责应天事务。”
应天巡抚不管应天，跑到苏州去了。谁让南京的大臣太多，应天巡抚待在应天太憋屈。
但是苏州离徽州等地也太远了，朱由检想了一下，说道：
“凤阳巡抚是巡抚淮、扬、庐、凤四府，徐、和、滁三州，驻淮安，兼任漕运总督，又被称为江北巡抚。”
“应天巡抚负责南直隶其它地方，又被称为江南巡抚。既然它不在应天驻扎，以后就正式改称江南巡抚。主要负责应天府和东面的苏州府、松江府、常州府、镇江府，对太湖周围的浙江湖州府、嘉兴府也可以监察，协调太湖一带管理。”
“应天府西面的安庆府、池州府、徽州府、太平府、宁国府、广德州，设立安徽巡抚管辖，巡抚安徽地方赞理军务。”
“这个职位，由两广总督李逢节转任，任期从今年开始计算。”
“让李逢节尽快上任，选个地方驻扎。”
这是给李逢节的补偿，属于特殊情况，没有让大臣廷推。
至此，南京的主要官员完整。南京兵部尚书黄克缵、南京守备怀远侯常胤绪、南京太监涂文辅，组成新的南京三巨头。
朱由检对这个组合，算是基本放心。
《明史张国维传》
国维见贼势日炽，请于朝，割安庆、池州、太平，别设巡抚，以可法任之。
安庆不隶江南巡抚，自此始也。议者欲并割江浦、六合，俾国维专护江南，不许。