除了调集援兵之外，朱燮元的第二个建议，就是坚壁清野。
这对民生的损害太大，也会让天下人不安。朱由检没有完全实行，而是下命令道：
“通州等地的粮仓，要派兵马守卫，尽量运到城里来。”
“还有京内的粮仓，让都察院和太府寺一起清查一遍。”
“该补上的就补上，尽快把城外的粮食运进来。”
“各地收获的粮食也要运入城池，不要堆放野外。”
又担心各地城池守不住，会被建虏破关后轻易攻下，朱由检又下令道：
“命令各兵备道、守备区，进入战备状态。”
“各府县的守备和县尉，要在农忙后组织预备役训练。”
“枢密院和都察院一起派人巡视，查看城墙防御。”
“有余力的府县，允许参考棱堡修建锐角铳台。”
“人烟稠密的地方，也允许建立城寨自卫。”
这是徐光启等人所建议的，在大凌河堡展示出强大的防御能力后，再没有人怀疑棱堡的有效性。
一些官员甚至提议，把大明所有城池都修筑成棱堡。
但是这个工程量，目前的大明朝廷显然负担不起来。
所以朱由检只允许一些富裕的府县自行改建，在原本四四方方的城墙上，增加锐角铳台。
与棱堡搭配的是火器，朱由检询问毕懋康道：
“京城生产和存储的火器有多少？”
“能不能下发到各地去？”
毕懋康闻言摇头，说道：
“陛下提出装备火器化后，各地军队都在索要火器，装备部也在全力生产。”
“不过新式火器主要供应御营和巡捕营新军，有富余的也被京营和前线的大凌河堡要去，还有一些被调去朝鲜。”
“淘汰下来的火器大多被后勤部补给了辽东和蓟镇，无力支援地方。”
“但是各地库存的应该有些武器，可以拉出来清点。”
朱由检对地方上的武器保管情况根本不抱希望，但是此时能增加一分力量算一分，所以他向闵梦得道：
“军械采购保养，归后勤部军械司负责。”
“后勤部要和监军总署一起派人去地方清点武器，设专人负责武库，定期查验状况。”
“以前的情况只要不过份可以不追究，但是后勤部派专人接管以后，必须明明白白。”
“否则出了事先追究后勤部的责任，再追究地方官员。”
这让闵梦得叫苦，知道摊上了苦差事。
不过后勤部油水这么大，皇帝盯得紧一点，也是情有可原。
借着整军备战，朱由检向枢密院各个部门下令，清查北直隶的武备情况。
——
在这些都做出安排后，沉默良久的杨嗣昌，又突然道：
“臣以为北直隶整军备战固然重要，但是更重要的，是大凌河之战。”
“可令辽东骑兵出动，在大凌河虚晃一枪，牵制建虏兵力。”
“甚至用信号塔和大凌河守军约好时间，让大凌河守军出动，和辽东骑兵内外夹击。”
这是他针对前线战况提出的建议，枢密院的官员，对此大多同意。
整个北直隶的兵马调动，动静实在太大了。还不如让辽东兵马出动，把建虏吸引在那里。
就算辽东损失些兵马，也好过京城遇危。
朱由检初听还觉得有些道理，认为只要再拖过一年，自己的力量会更强大。
但是在见到枢密院的官员纷纷附和，对大凌河之战提出各种建议，甚至连火炮的方位都要安排后，他却蓦然警觉：
不能干涉前线战事！
这让他眉头紧皱，盯着杨嗣昌喝问道：
“直接干涉前线战事。”
“你是想学宋朝的枢密院吗？”
“参谋部的方略，可能保证胜利？”
杨嗣昌脸色一白，瞬间明白了皇帝为何会不快。
直接干涉前线战事，向来是战争中的大忌。
熟读兵书战策的他对此不是不知，清楚这样做的后果，通常就是失败。
宋朝是其中典型，凡是打仗都会由皇帝或枢密院制定阵图，然后让带兵将领必须按照阵图布置。
结果自然可想而知，在战争中经常遭遇失败。
如今枢密院刚刚设置，他就开始犯前宋枢密院的错误。
这让杨嗣昌明白，他此举犯了大忌。急忙跪下请罪，杨嗣昌道：
“臣一时糊涂，请陛下恕罪。”
“但臣以为朝廷既然能和前线通信，提出方略也是应有之意。”
“毕竟前线的将领所看到的只是一隅，朝廷看到的是全局。”
仍旧认为应该把参谋部的方略，发到辽东前线去。
枢密院的官员也大多认同杨嗣昌，认为在如此便捷的通信条件下，应该加强对前线的指挥。
甚至一些人还想到皇帝提出的方阵等阵型，觉得当今皇帝表面反对，其实心里还有些想学前宋皇帝。
朱由检对此摇头叹气，因为他知道就算后世有了电报和电话，后方也不能把前线将领当成提线木偶。
毕竟前线的战事瞬息万变，后方再怎么也反应不过来。必须给前线将领指挥作战的权力，让他们发挥出能力来。
如今大明枢密院这些人因为有了臂板通信，就急慌慌地扩大指挥权力，在他看来实在是不知所谓。
这让他仔细思索之后，明确向群臣道：
“大明的枢密院，不是前宋的枢密院，不需要只会纸上谈兵布阵图的人。”
“方阵、圆阵、车阵等阵法的操练，都属于平时训练，也是常规战法。”
“但它们并不能涵盖所有情况，指挥作战要按岳武穆所说：”
“阵而后战，兵法之常，运用之妙，存乎一心。”
“这是北宋变成南宋后将领的体会，尔等务必汲取教训！”
拿岳飞的言语和北宋变成南宋做例子，朱由检严厉训斥了枢密院官员一通，又给他们划线：
“朝廷负责战略规划，前线负责战术指挥。”
“朝廷可向前线将领提出任务目标，但是如何作战，要由前线将领自己判断。”
“如果枢密院觉得他做得差，可以发函训斥，要求做出解释，甚至就地解职，让其他人替代。”
“但是调遣麾下哪些兵马、执行什么样的作战方案，是前线将领的权力。”
“非有紧急情况，不得越级指挥。”
“尤其是某些人越一级还不够，想要越两级、三级。”
这让杨嗣昌脸色更白，知道皇帝说的就是自己。
刚才他提出的策略，直接越过了辽东方面军，还越过锦州总兵，直接指挥大凌河战事。
这对军中将领的权威，可谓极大的破坏。长此以往下级会养成观望的习惯，在上级下令之后，仍会等朝廷的命令。
想到这个后果，袁可立也不得不出言道：
“军中确实不该越级指挥，枢密院平时的指挥权力，应该限制在师级。”
“而且在师上面有军时，要先通报给方面军。”
朱由检点头认可，又向杨嗣昌道：
“记住，参谋部不是军令部，只有出谋划策的权力。”
“枢密院执掌军令，参谋部的方案必须得到枢密院认可后，才能转为军令。”
“在转化为军令之前，如果参谋部从全局发现什么关键之处，可以向前线发出提示。”
“前线如果置之不理，出了问题由他们担责任。”
“具体的作战方案也是如此，是否采纳由前线将领决断。”
“除非得到枢密院认可，参谋部不得私自发布军令。”
对参谋部的权力做出明确限制，朱由检为了让那些参谋警醒，又处罚杨嗣昌道：
“杨嗣昌违背军中规矩，加衔降低一级。”
“众卿要引以为戒，不要随意越线。”
拿杨嗣昌杀鸡儆猴，遏制参谋部指挥前线战事的冲动。
让枢密院的官员，同样引以为戒。
为了防止枢密院和参谋部用其他方式影响前线战事，朱由检对战争中的人员调动、赏赐惩罚等方面也做出了限制，规定在前线没有提出请求时，枢密院不得在战争中随意下令。
不能因为有了臂板通信，就在战斗中指手划脚，让前线将士无所适从。
臂板通信可发挥其它方面的作用，例如向前线通报敌人的动向、己方军队的调动、朝廷发生的大事、甚至为将士传递家书……都比胡乱指挥有意义。
军中文书也做出严格规范，把正式军令和参谋建议区分开。
而且为了加强参谋部的专业性，朱由检下令设立边防军参谋司、海军参谋司，在两军设置参谋长，以副总参谋长身份加入参谋部。参谋部对边防军和海军发出公文时，需要他们副署。
各个方面军也要像京营禁军一样设立参谋司，师级设立参谋厅。以参谋长为主官，负责接收和研究参谋部的建议，并且在必要时接替将领指挥。
前线的指挥顺序，也被一再强调，确定战争中的第一指挥官和负责人。
对于大凌河堡来说，就是确定了何可纲对大凌河之战的指挥权。在战事扩大为锦州之战、辽东之战之前，就算是锦州总兵和辽东提督，也无权干涉何可纲的指挥。
他和护军都尉霍维华，就是大凌河之战的第一、第二负责人。