在传位时把去世的太子定为皇帝，彻底确定帝系，这是稳固太孙继承权的一个办法，但仍有风险存在。
宗正寺少卿曾楚卿就指出：
“嫡长房继承制下，不但嫡孙和庶孙的继承顺序在前，曾孙和玄孙的继承顺序，同样在嫡长子同母弟和庶弟之前。”
“晋庄王七十七岁薨逝，曾孙晋端王继位。”
“当今韩王，也是以世曾孙继位。”
“若发生这样的事情，臣恐天下不稳。”
朱允以太孙继位带来的后果，已经让大明君臣心有余悸了。
若是再出来个曾孙继位，他们心中会更加不安。
所以皇帝提出的确定继承顺位虽好，却不能完全打消人们的疑虑。
尤其是将来若诞生曾孙，曾孙的名字出现在前五继承顺位上，会让很多人不安稳――
有晋王和韩王以曾孙继位的先例在前，谁都无法否认，会不会发生太子和太孙都亡故、只能由曾孙的情况。
一旦这样的事情发生，对于天下来说，就可能是一场劫难。
而且朱由检更知道，随着医疗水平的进步，将来出现高寿的皇帝，是大概率事件。
熬死太子和太孙的可能，同样会因此增加。
如果按照继承顺位立曾孙、尤其是幼年的曾孙，恐怕不但天下人心会不稳，皇帝的权力也有可能失去――
万历皇帝幼年继位，导致张居正大权独揽，文官权力达到鼎盛。以至于后来一直和掌权的文官做斗争，最终也没能完全夺回权力。
朱由检之所以能够顺利掌权，还要感谢他的哥哥朱由校，用阉党把东林党打得七零八落，让他能从容收拾文官。
这样一个过程，朱由检是不想让后代再经历了，所以他问群臣道：
“那么众卿以为，应该实行哪种继承制？”
群臣议论纷纷，对此莫衷一是。
有的还是倾向唐宋的嫡长子继承制，认为古制最好。
但是更多人的却反驳，因为一个嫡长孙，会让嫡长子的位置不保险。
就像皇帝说的，礼法要防止人性之恶。害了嫡长孙就能让嫡长子没有继承人，对嫡长子同母弟和庶弟的诱惑太大了，必须要防止这一点。
但是曾孙继位的危险，又是实实在在的。皇帝毕竟不同于藩王，不能冒这个风险。
最终，刘宗周提出了一个办法，得到了很多人赞同：
“臣以为若是太子有子诞生，陛下可立其子为太孙，和太子同时存在，作为第三顺位继承人。”
“若是太孙不幸夭折或亡故，可按继承顺序，立太子其他子嗣为太孙。”
“只有无子孙可立时，方可立曾孙、玄孙。”
这样保障了太子的继承权，也能在很大程度上避免出现曾孙继位的情况出现。
朱由检对这个办法有点赞同，但他还是疑惑道：
“这样就不完全是按嫡长房继承制了，宗室、勋贵、文官荫叙继承办法，是否同样要改？”
有的人认为要改，因为皇室是天下典范，天下人都要模仿皇室。
有的人认为不能改，因为这样对曾孙不公平。而且晋王、韩王都以曾孙继位，难道现在说他们继承非礼？
所以群臣讨论来讨论去，最终发现只有一个解决办法，那就是皇帝曾经提到的皇室特殊论：
只有把皇室定为特殊的，才能不让宗室、勋贵和文官模仿，避免继承制度混乱。
但是文官又不想完全承认这一点，以免将来无法用礼法约束皇帝。大学士韩说道：
“自从成祖之后，本朝虽是一直按照嫡长房继承制，却也有特殊情况存在。”
“英宗北狩之时，按礼法当由太子继位，但是当时京城遇危、国赖长君，故而立王继位。”
“臣以为可在继承礼法中增加国赖长君条款，规定必须由年长的继承人继位。”
“至于宗室、勋贵和官员，有陛下保障其能按礼法继承，所以不适用国赖长君条款。”
这个解释，部分承认了皇室特殊论，但又没有完全承认。
而且有“国赖长君”这句古语做凭借，还有现成的例子做支撑。大部分臣子思索后，赞同在《大明继承礼法》中，为皇室增加国赖长君条款。
朱由检同样希望立年长的继承人，以免幼年皇帝被人操纵，所以他点头道：
“既然如此，那就确定除了按继承顺序册封的太孙外，其余孙辈、曾孙辈、玄孙辈，只有在十五加冠以后，方能排入继承顺位。”
“如果嫡次孙或庶孙被册封为太孙继位，他的后人自动成为嫡支，重排继承顺位。”
隐含的意思就是，即使嫡长孙一脉还有后人，也不再是嫡支，丧失嫡长房资格。
拿历史上的事情做例子，就是王成为景泰帝后，他那一脉自动成为嫡长房，他的子孙继承顺序，要排在原本的太子朱见深前面。
朱由检作为朱见深的后人不方便明说，却不妨碍群臣理解这一点。
他们现在只能庆幸，景泰帝没有留下后人，这个规定不会引发继承争议。
同时，为了防止权臣迎立幼帝，朱由检还补充道：
“如果朝廷无皇子，没留下嫡系后人。那么迎立外藩时，同样要立长君。”
“只有十五加冠能完全亲政的宗室，才能排入继承顺位。”
“按继承顺序先后，确定皇位继承人。”
十五加冠就能完全亲政，能在很大程度上避免权臣操纵朝政。
如果再出现世宗那样的天才，甚至能把权力完全夺回来。
因为世宗以藩王入继时年龄恰好是十五，所以这个规定，也不会引发继承争议。
君臣商议之下，最终定下了国赖长君条款，确定除了太子、太孙和皇子、皇弟之外的继承人，必须十五加冠以后，才能排入继承顺位。
有关皇室继承的嫡长房继承制，就此完全确立。
按照这个制度，周皇后为朱由检生下的嫡长子，毫无疑问是第一顺位继承人。
其他嫔妃生下的两个庶子，是第二、第三顺位继承人。
朱由检此时只有三个儿子，所以第四顺位继承人，就不是他的子嗣了。
而且因为他的同父兄弟朱由校已经驾崩，只能追溯同祖，也就是伯叔及其子孙。
福王朱常洵在他的叔叔中最年长，所以被列为第四顺位继承人。
福王世子朱由崧今年已经二十三岁，符合十五岁以上的规定，所以被列为第五顺位继承人。
这五人的名字和继承顺位，在《大明继承礼法》制定后每年都要公告天下，并且在发生变动时发布公告修改，让世人知道万一朱由检突然驾崩，谁有资格继承他留下的皇位。