看到了火帽枪研制的可能性，朱由检迫不及待，在武英殿召开枢密大臣会议。
这次会议，有袁可立等枢密院官员参加，还有施凤来、徐光启等有枢密大臣加衔的朝堂大臣。
兵科给事中因为要审核有关军事的诏书和命令，所以同样与会。
朱由检首先关注了枢密院成立的进展，尤其是各部组建。
得知参谋部已经成立作战司，由杨嗣昌率领制定作战方案后，满意地点了点头，夸赞了袁可立几句：
“枢密院成立的目的，就是为了更好的作战。”
“作战司是重中之重，所有机构组建都要以利于作战为中心。”
再次强调作战司的重要性，确定它枢密院第一司的地位。
这个司的司长，现在是副总参谋长兼任，以后也成了惯例。
除了作战司外，参谋部最重要的是通信司。
作为主管军令的机构，通信司对参谋部至关重要。军事命令下发，都要经过通信司。它的下属机构，有机要厅、通信管理厅、通信兵训练厅、档案室，以及通信研究所等。
朱由检原本打算把这个机构放在锦衣卫负责的情报部，但是被兼任总参谋长的袁可立争了过去。
考虑到参谋部对通信的依赖，朱由检同意了这一点。打算让通信司负责正常军令，情报部负责秘密通信。
除此之外还有职方司，是从兵部职方司转来的。相比原本的职责小了一些，主要负责舆图和军制。
它的职责，可以看做编制司，确定各地军队的编制和防区。
朱由检命职方司为各地军队确定番号，规定所有的营级以上编制，在原本名称之外，都要有数字番号：
“《周礼》曰：五卒为旅，五旅为师，五师为军。”
“未来的大明军队，要按军师旅编制。”
“军以一位数字编号，师以两位数字编号，旅以三位数字编号，后面再加一位数字，代表所辖的营。”
“例如东江镇第一旅番号是331旅；它下面的第一营，番号就是3311营。”
“以此类推，给所有营级以上军队编号。”
“以主将姓氏称呼的营号，以后不准再用。”
“枢密院以后要给各军授旗，不要因为主将改动就用新旗帜。”
“下达军令的时候，也要以番号称之。”
这是在军中淡化主将的影响力，枢密院官员以文官为主，自然十分赞同。
袁可立又询问道：
“若以边镇为师，军又如何设置？”
朱由检对此早有考虑，回应道：
“军非常设编制，只在大战时设置。”
“平时还是以镇为最高编制，镇可以看做是权限更大、独立镇守一方的师。”
“如今辽东在和建虏大战，辽东一带的兵马，可编为辽东方面军，撤销辽东镇编制。”
“原辽东镇的宁远、锦州、塔山等总兵，麾下兵马可编为师。”
“山海关和东江的兵马，仍旧独立设镇。镇的自主权力更大，平时独立管辖，只在大战时服从辽东方面军指挥。”
这下群臣听明白了，皇帝这是在镇这一级之上，增设军级编制。
军下面直属的兵马被称为师，外面独立镇守一方的则称为镇。两者级别一样，都由总兵统率。
师和镇下面都设旅级编制，由副总兵转任的旅将管辖。
旅下面设置的营，就是基本作战单位――
这也是现在的枢密院，有可能管辖到的最低一级编制。
李邦华负责京营整训，询问道：
“边军如此，京营又如何如何编制？”
“三大营和下属的参将营、游击营、佐击营等小营，应该如何改动？”
朱由检这一年多早就摸清了京营的编制，回应道：
“京营可称京军、禁军，以第一方面军称之，麾下番号以1开头。”
“三大营看作师级编制，五军营、神枢营、神机营这三个旧称呼可以保留，正式番号为11师、12师、13师。”
“三大营总兵和副总兵直接统率的兵马，可以编制为旅，最高统兵一万人。”
“参将营仍是统兵六千，游击营和佐击营统兵三千，作为三大营直辖的独立营。”
“李卿整训的时候，可以把这些营按甲乙两等区分。战力强的编为甲等营，营长可提升为参将甚至更高。战力弱的编为乙等营，营长由佐击将军、游击将军担任。”
“明年西南兵马奏凯献俘后，朕会举行一次校阅，确定甲等营、乙等营。”
对京营的整训，朱由检非常慎重。避免胡乱改动，造成人心不稳。
所以他对京营的编制基本没有大动，只是加上数字番号。延续原有的办法，对京营进行整训。
这样虽然不能让京营脱胎换骨，战力至少不会降。避免大改编制，短期内战力丧失。
李邦华听到之后，心中已经有了底。知道皇帝暂时没有按巡捕营那样对京营大改的想法，只是让他整训。
袁可立这时又询问道：
“边军和京军如此，地方卫所又如何编制？”
“还有各地督抚的标营，应该要如何编？”
朱由检对此早有全盘考虑，回应道：
“依朕之见，卫所体系和边防体系要明确。”
“如今九边各镇，基本是总兵镇守、副总兵协守，还有分守、守备。”
“这是总兵镇守体系，是边军常用的编制。”
“卫所则早已成为兵源，指挥、千户这样的卫所军官，才能在镇守体系当把总。”
“以后朕就明确，卫所主要是提供兵源，兼有守卫地方责任。”
“卫所的军官、军士、军户需要服役的，编入地方防卫军。”
“防卫军和边军一样，按总兵镇守体系任命官职，以后统称为边防军，由边防部训练管理。”
说着，他转向兵部右侍郎秦士文，任命道：
“边防部部长，由兵部右侍郎秦士文署理，加从二品枢密同佥衔。”
“下设训练司、步兵司、骑兵司、炮兵司、车兵司、工兵司等机构，负责各兵种训练管理。”
然后又向一众枢密大臣道：
“以后地方都司，要和兵备道等护军机构合并，统一称为都护司，或者都护使司。”
“都护使和布政使、按察使级别相同，统一定为正三品。”
“卫所由都护司管辖，下设卫所厅、兵备厅等机构。”
“原都司和兵备道的官吏，改为都护司官吏。”
“地方卫所由都护司管理，从卫所选拔的防卫军，由兵备道、守备区协同将领管理。”
“督抚下属的标营，按边防军管理。”
“下属旅或者营，由旅将、参将统率。”
这个决定说出，朝堂上的枢密院官员，都是一阵兴奋。
都司的职权虽然早就被架空了，但它到底是地方三司之一，还有对卫所的管辖权。
如今皇帝把都司和兵备道合并，代表着文官的势力，彻底深入卫所。原本在都司任职的武官，根本没能力和和他们争权力。
这件事情，在皇帝设立涿鹿守备区时他们就有预感。这也是很多文官，赞同设立枢密院的原因。
从此以后，枢密院和地方都护司，就彻底取代了原本的五军都督府和地方都司体系。文官在经过不懈的努力后，终于把权力渗透到大明的方方面面。
朱由检知道这个后果，但他更是清楚，如果不把都司和兵备道合并，都司就是个空架子。
还不如设立都护司，把实权重新抓回来。
这样武将至少能够进入都护司，在地方军事上有一点说话的权力。
同时也收拢了卫所管辖权，让那些世袭军官，不能肆无忌惮地欺压军户。
都护司设立之后，可以利用其掌握的军事权力和布政司、按察司重建平衡，这是当前大明地方权力演变的必然。
朱由检之前把一些兵备道改为护军都尉，就是为成立都护司做准备。
这样都护司任职的文官，会有文职军官身份。把他们和其他文官区分开，不完全是铁板一块。
枢密院收到这个大礼包后，都是非常兴奋。袁可立还有些冷静，询问道：
“都护司和都护府有什么区别，还请陛下指示？”
朱由检向他回应道：
“内地由三司管辖的省份，称为都护司。”
“边疆军管的地方，则称为都护府。可以独立开府，设立政务署、廷尉署、卫尉署这三署，治军的同时治民。”
“都护司以都护使为主官，都护府则以武将总兵为首。”
“如果设立相当于巡抚的护军使，则以护军使为首。”
这点文官都很满意，因为现在所有的都护府，基本都设立了护军使。
他们下定决心，以后要多设护军使，不能让都护府以武将为首。
至此，文职军官的晋升体系也完全确定，可以从守备区的护军校尉，升为兵备道的护军都尉，再升为都护司的都护使，再升为边疆都护府护军使。
都护使因为通常加正三品上轻车都尉勋级，又被称为上都护。
管辖都护府的护军使，又被称为大都护。
到了护军使这一级，地位就相当于巡抚，可以转任地方督抚，也可以转任朝廷侍郎和枢密院部长等官职。
可以说所有文职军官，都有了明确的上升阶梯。
这也是朱由检的用意，尽量把文职军官作为一个独立体系。以后他们会代替武将，和其他文官文武分立。
这些确定之后，朱由检看着这些枢密大臣的兴奋神色，担心他们贪功冒进，提醒道：
“地方都护司的设置，一定不要着急。”
“先做好涿鹿区的改制，再推广到北直隶其它地域。”
“兵部设立总务司，下设直隶厅，管辖北直隶境内卫所，要规划好北直隶境内的兵备道和守备区。”
“北直隶的防卫军，直接由枢密院边防部训练。在得到朕的许可后，由参谋部调遣。”
“北直隶改制完成后，再于陕西、山西、山东等地试行。”
“都护司下属的机构，也要认真考虑。”
李邦华听到这点，立刻道：
“臣奉陛下之命，在京营设立护军司，下属司务厅、职官厅、后勤厅、装备厅、训练厅等机构。”
“如今枢密院设参谋部、后勤部、装备部等部，臣请予以改变。”
这是他早就想提出来的，想和枢密院各部门对接。
朱由检因为这些机构在锦衣卫南司房运转良好，之前也没想到这个问题。如今听李邦华提出，才发觉打仗的军队和锦衣卫不一样。
李邦华和其他枢密大臣讨论后，打算把训练厅改为作训厅，负责作战和训练，向上对接参谋部和边防部。
朱由检觉得这样护军司的权力就太大了，在侵夺武将的统兵作战权力，所以把作训厅独立出来，单独设立了参谋司。以参谋长为主官，受统兵武将领导，下设作战、训练、通信、侦察等机构。
职官厅则仍旧由护军管辖，负责低级军官和军士选拔，对接的是兵部。
后勤厅对接后勤部，装备厅则因为军械采购和保养被划归后勤部，被降级为军械处，成为后勤厅下属机构。
对于这点，朱由检明确道：
“后勤部设财务司、军需司、军械司、营造司、运输司、卫生司等机构。”
“军械采购保养，归后勤部负责。”
“装备部负责军械研发和生产，不设地方装备机构。”
“装备部成立大明装备集团，在地方设立公司和工坊，负责装备生产。”
“军械研究院改为装备研究院，负责装备研发。”
“装备部设立装备计划司、通用装备司、兵种装备司等机构，负责装备规划和标准制定。”
这是他汲取后世的教训，所设置的机构。
后世总装备部成立后，地方和军中装备部随之成立。但是它们没有装备研发和装备生产能力，负责的仅仅是装备保障。装备保障需要的各种物资，又和后勤部职责分不开。
所以有些地方就把装备部和后勤部合并，称为联勤部。直到军改之后，正式合并为保障部。
有鉴于此，朱由检在之前设立后勤部时，就把军械采购和保养划归了后勤部。
如今更明确地方和军中不设装备部，只在后勤机构下面，设立军械机构。
兵部左侍郎闵梦得，被任命为后勤部长，加从二品枢密同佥衔。
装备部的部长，毫无疑问由原本的专督军械侍郎毕懋康转任。
朱由检给毕懋康的第一个任务，就是按“生产一代、研制一代、预研一代、探索一代”的要求，组织已经定型服役的重型火铳和轻型火铳生产，研制改变打火机构的簧轮火铳和燧发火铳。
同时要对硝化纤维、硝酸汞、硝化甘油等硝化物进行预研，摸索新的火药和火帽、底火等击发装置。
最终探索的目标，是他画出的金属定装弹：
以撞针击发底火，点燃弹壳内的火药，推动弹头发射。
可以说，这才是朱由检的最终目的，研制金属定装弹，提高发射速度。