修国史的事情确定后，自然要任命总裁官。
《国朝纪事》还好说些，万历以前的事情，对现在影响不大。朱由检任命黄立极为总裁官，没有多少人反对。
但是《三朝纪事》，反对他担任总裁官的就多了。很多人都担心黄立极以《三朝要典》为本，编纂《三朝纪事》。
在这些人的反对下，朱由检考虑之后，任命道：
“《三朝纪事》和先帝实录一同编纂。”
“英国公张维贤、成国公朱纯臣、定国公徐希皋担任监修官。”
“大学士黄立极、孙承宗担任总裁官。”
“大学士施凤来、张瑞图、李国普、韩、郑以伟、徐光启，资政大臣朱国祯、来宗道，一起担任副总裁官。”
“大学士郑以伟同时兼任总纂官，负责具体编纂。礼部尚书温体仁、刑部右侍郎孔贞运，一同担任总纂官。”
“资政大臣来宗道同时兼任总校官，起居郎余煌、倪嘉善担任校勘官，负责校对勘误。”
“其余纂修官员，由翰林院官员兼任，总裁官、副总裁官挑选。”
把这些职位明确，朱由检任命中立派的大学士郑以伟，负责具体编纂。同时让身边的两位起居郎担任校勘官，以便在发现不合心意的内容时，让他们以校正名义修改。
这个任命，照顾了方方面面。群臣大多都很满意，没有人提出反对意见。
为了保证这些书籍顺利完成编纂，不至于因为有人离职中途中断、导致钱粮虚耗，朱由检又下令道：
“国朝纪事和三朝纪事、先帝实录这三部书，都由来宗道担任副总裁官和总校官。”
“编纂这三部书籍的前期准备工作，由来宗道负责。主要是确定书籍体例、需要避讳的文字，以及编纂图书所需要的笔墨、钱粮、人手等后勤事项。”
“明年三月的时候，朕要知道编纂这些书籍需要多少纂修官。翰林院也根据需要招收庶吉士，负责这些图书编纂。”
这是把来宗道废物利用，负责这些书籍编纂的前期准备和后期把关。朱由检相信来宗道这个曾经向魏忠贤献谀的官员，知道现在应该要听谁的。这几部历史书籍，都要按他的想法编纂。
群臣听到之后，对这个决定没有什么好说的。谁让来宗道现在没有实职，有时间做这些事。
他们就是想负责这些书籍的前期准备，还没有那个时间呢！
所以副总裁官和总校官的名声，来宗道是要定了。
一些想要青史留名的官员，对此很是羡慕。但是让他们辞去实职，他们却又不愿。只能看着来宗道，获得这个机会。
同时也让他们再次感慨，皇帝真的是记得登极功劳，就连来宗道这种在先帝弥留之际向魏忠贤献谀的官员，都有这么多优待。
其他比来宗道罪行轻的，自然更不用担心。
这让九卿中唯一没过关的薛凤翔，心里更加放心。知道自己即使被赶下去，也能当资政大臣。
同时他心中在思索着，自己要不要主动请罪，像孟绍虞那样能够留任。
但是他的情况，却和孟绍虞有很大的不同。不仅是因为他曾上疏称颂魏忠贤四十七本，情况比孟绍虞严重得多。还因为他掌管的工部，负责魏良卿等人的府邸建造，比当初建造信王府还用心。
皇帝如果记着这件事情，他主动请罪就是撞到枪口上。那时皇帝多半会把他赶下去，而不是继续留任。
他必须要想点别的办法，才能保住工部尚书职位。
想想为了升到这个位子，不惜依附魏忠贤那个阉人，薛凤翔当然不甘心仕途就此完结。
这让他开始考虑着，要不要像杨景辰那样彻底投靠皇帝，当皇帝的心腹。这样名声虽然不好，实权却实实在在的。没看到杨景辰即使牵涉到逆案，都没有影响升迁速度，明年就很有可能成为九卿之首的吏部尚书了。
有这个例子在前，薛凤翔也开始考虑当皇帝的心腹。依附皇帝的名声，至少要比依附阉党强。
朱由检不知道薛凤翔的这些打算，但是对如何处理薛凤翔，他其实有点纠结。
薛凤翔的附逆行为是确定的，按情节应该定为第六等。如果朱由检想把他赶下去，像来宗道一样定罪就行了。
但是呢，一来朱由检的夹带里没有人，把薛凤翔赶走之后，工部尚书这个职位即使空出来，他也没有心腹可以任命。
二来六部尚书到现在已经被他换了四个，郭允厚也即将被换。剩下的薛凤翔朱由检实在不好继续再动，以免让人觉得自己对先帝旧臣没有耐心。
所以朱由检对工部暂时不想大动，打算让薛凤翔留任一段时间，等自己调整工部时再把他换掉。
这个考虑，薛凤翔猜到了一点，所以他认为自己有成为皇帝心腹的机会。皇帝把吏部、礼部、兵部、刑部、都察院、大理寺等衙门都调整了一遍，户部也几乎确定了要调整，只是要等待毕自严到来。没道理工部就会例外，不进行任何调整。
事实上，薛凤翔已经从钦天监听到了一点度量衡调整的风声，这正是工部管辖的事情。可见皇帝是想要调整工部的，只是在等机会。
这让他觉得自己只要主动提出调整工部，那就能成为皇帝的心腹，获得留任机会。
但是这里面的难度，又让薛凤翔有点望而却步，心里有些畏难。
别看工部的排行六部最末，他这个工部尚书在九卿中也没有多高的地位――如今在常参会议上的发言权很小，甚至都不如通政司。
但是工部却和户部一样，是涉及钱粮的衙门。每一点细微改变，都关系很多利益。
他敢动别人的利益，就有人敢和他拼命。这和其它部门的改动，都有很大不同。
事实上，朱由检也知道这种不同，所以把户工二部放在最后调整。户部尚书郭允厚和工部尚书薛凤翔，现在还在留任。他只是从内廷派出御马监掌印高时明，监督户工二部支出。打算在有得力的大臣辅佐后，再进行具体改制――
别看登极以来调整的衙门那么多，朱由检其实却很谨慎。寺监的调整不用说，这些都是边缘衙门，出现问题也不是什么大事。吏部他只是调整了两个侍郎的分工，兵部就是把车驾司换成军械司。更多的是通过任命官员，让房壮丽、杨景辰、袁可立这些大臣管理。
只有完全务虚的礼部和三法司，朱由检的调整幅度才很大。把很多衙门划给礼部督导，又把三法司整体改制。
这样的改动虽然涉及很多权力分配，却大多集中在朝堂上面。朱由检以附逆罪名撤换一批官员之后，完全能够实现。
但是户工二部的调整，就不知会涉及多少利益了。万一有人在调整过程中上下其手，事情会很严重。
在没有得力官员担任两部主官前、在都察院等监督机构调整完善前，朱由检暂时不打算对户工二部进行大调整，免得出现问题。
他现在的主要目的还是掌权，调整朝堂上的权力分配。然后再想办法刷新吏治，把自己的意志贯彻大明各地。