整顿辽东将门事关重大，朱由检担心有人泄密，让低品级的官员和内侍退出去，只留下几个记录的起居注。
又让参加会议的锦衣卫百户、辽东卫尉署都尉骆养性巡视武英殿周围，朱由检嘱咐孙承宗道：
“孙卿去辽东督师，第一件事就是清理辽东拥兵自重的议和派――”
“不能让他们养寇自重，拿着朝廷的饷银，一直和后金僵持下去。”
想到祖大寿历史上在大明和后金之间反复横跳，朱由检觉得此人一定和后金有联系，说不定还有什么秘密协议，又说道：
“袁崇焕遣僧吊祭、借机议和的事情，辽东一定有人配合，而且和建虏存在联系。”
“孙卿要把这条线挖出来，以此为突破口，整顿辽东将门。”
群臣闻言失色，终于明白了皇帝为何让其他官员退出去。
这分明是怀疑辽东那边有奸细，所以辽东战事，才会僵持下去。
就连认为袁崇焕辱国非计的袁可立，也没有想到这一层，立即向皇帝道：
“陛下不当随意怀疑大臣！”
“若是传扬出去，辽东局面危矣！”
朱由检摆了摆手，说道：
“若是有人通敌，暴露出来是好事。”
“若是没有人通敌，辽东不会因为朕几句话生乱。”
“不过这件事到底是机密，刚刚听到的官员，不要传扬出去。”
“前些日子武清侯的事情你们也应该知道，如果再次泄密，朕就只能让锦衣卫保密司一直跟着你们。”
因为常参会议决定泄露的事情，皇帝派锦衣卫以保密司的名义盘查与会群臣。在场的大臣基本都被问到过。想到那件事情，仍旧心有余悸。
好在最终宫里面排查出泄露消息的宦官，他们才没有一直担着嫌疑。不过他们对锦衣卫保密司，还是有了认识――
这个在锦衣卫北司房情报中心仅次于统计司的衙门，第一次显露在大明官员面前。以后随着保密司的完善，它的权力将逐步展现。
把这件事定为机密，朱由检警告官员不要泄密，不能像没参加会议的人提起。又向被唤来殿里的锦衣卫指挥佥事、东北镇抚使张道浚道：
“你去辽东要做的第一件事，就是切断辽东将门和建虏的联系。”
“当年魏良卿因为武长春案，冒宁远功封爵。这件事虽然荒诞，却显示建虏招降了不少汉人，他们借着以前的关系，和大明不少人有联系――”
“甚至可以说，建虏在大明有一个情报网络。”
对此非常肯定，朱由检知道后来建虏数次入关，一定有不少人配合，嘱咐张道浚道：
“这个情报网络，很可能是武长春的岳父、叛贼李永芳执掌。”
“此贼曾说动不少人反叛，辽东很多城池就是那些人配合着丢失的。”
“张指挥的父亲张铨，就是因此在辽阳遇难。”
“到了辽东要好好调查，不能放过任何一点嫌疑。”
“以后这个东北镇抚使的对手，就是那个李永芳。”
给张道浚安排了任务，还特意点明他的父亲就是因此遇难。张道浚听得眼睛都红了，向皇帝保证一定会揪出后金奸细。
提到武长春的案子，朱由检又向房壮丽和袁可立道：
“吏部和兵部要加强官员背景调查，不要什么人都任命官职。”
“所有官员都要有完整档案，而且要有认识他们的证明人。”
“先从朝堂上官员开始，审查阉党时建立档案。”
“以后档案不清晰、有过失、有嫌疑的官员，不得接触机密。”
“锦衣卫统计司、保密司、官情司，参与档案管理。”
顺手给吏部和兵部加了职责，又把锦衣卫派进去，朱由检向孙承宗道：
“辽东中低级军官暂且不说，营级参将以上，都要有完整的档案。”
“这些将领之中，按籍贯出身统计，出身关内的不能低于一半。”
“所谓的以辽人守辽土，不能变成以辽将守辽土，用辽饷养肥辽东将门。”
孙承宗面带苦涩，说道：
“如今辽东将士多是辽人，不让他们担任参将以上将领，如何鼓励他们杀敌？”
朱由检当然不是压制军功，想到轮战政策，说道：
“立功该赏就赏，将领该调就调。”
“只是不让那么多辽东将领在本地，把他们调往全国各地。”
“辽东的官职就那么多，将士们在前线又容易立功。不往全国各地调遣，怎么给他们升官？”
“各地有才能的将领，也要调往辽东历练，增强他们的实战能力。”
“他们被调去的时候，可以挑选数百当地精兵做亲兵，去辽东杀敌立功。”
这是一个办法，应该能压制辽东将士的不满，保持朝廷的控制力。
否则按现在的政策执行下去，不出十年，辽东将领就会占据大部分辽东官位，完全没有外地将领的存在余地。
皇帝所说的“以辽饷养辽将”，到时候会成为现实。
这还不止，朱由检向张道浚道：
“参将以上都要审查背景，查查他们和建虏是否有联系。”
“但是除非有确切证据，得到辽东督师、辽东提督、辽东护军使三人之一佥批，否则不准抓捕。”
“有嫌疑的上报，调到辽东之外任职。”
“参将以下，可以在得到护军佥批后，以卫尉署名义抓捕。”
“东北情报和执法工作，张指挥都要担起来。”
又向孙承宗道：
“孙督师，张道浚以后就是你的下属了。”
“有什么需要探查的情报，你都可以交给他，支持他的工作。”
“朕会从警卫司调一队警卫，负责你的安全。”
这是光明正大地向孙承宗身边派锦衣卫，这些人自然有监视他的责任。
孙承宗心中苦涩，却又知道这些人身负使命。自己反对的话，就是不愿意在辽东督师上好好干。执掌辽东大权，也没那么容易。
想想皇帝到底给他们官职，不是派宦官监军，肆意插手军中事务。孙承宗勉强点头，接纳了张道浚这个下属――
此人到底是辽东死难的忠臣后裔，自己不能苛待。
而且辽东在前线，不可能和后金完全断绝联系。没有锦衣卫见证，出了事根本说不清。孙承宗道：
“若是建虏遗书，应该如何回应？”
《明熹宗实录》：
北镇抚司许显纯具奸细武长春狱词，长春系李永芳之婿……
《牧斋初学集：特进光禄大夫左柱国少师兼太子太师兵部尚书中极殿大学士孙公行状》，钱谦益所著孙承宗行状：
大寿故与奴有连，降虏银定，故给事大寿左右，大寿遣之奴营，留半岁，奉奴书来与崇焕议款。款未就，银定仍留大寿所。
奴破永平，遣三叛人持黄旗大书“讲和”字诣大寿营。
大寿以请，公报曰：“听大将军处分。”而又密下教曰：“毁其旗及书，焚之军前，其人惟所置之。”
大寿惧，乃立斩其使。公曰：“大寿真为我用矣。”
《明史》：
在晋乃请于山海关外八里铺筑重关，用四万人守之。其僚佐袁崇焕、沈、孙元化等力争不能得，奏记于首辅叶向高……
当是时，我大清兵入宣府，巡抚沈与中官王坤等遣使议和，馈金帛牢醴，师乃旋。事闻，帝恶专擅……逮下吏。
《满文老档》天聪六年六月：
初一日……我北征察哈尔，追一月十一日……
十三日……致书向明索取原赏与察哈尔之财物。
十四日……德胜堡官员下千总一员率十五人来朝见……
二十八日，宣府沈都堂、董总兵官，身任议和，约定与满洲讲和。