既然提到了尚方剑，为了避免像历史上那样发生袁崇焕擅自斩杀毛文龙的事情，朱由检明确道：
“尚方剑只用于战时，总兵以下不用命者得以军法从事。”
“总兵若不听命可当场解职，令副总兵暂代。”
“平时非战时、非紧急状态不得用尚方剑，违犯军法交卫尉署羁押、军事法庭审判。”
“用尚方剑斩杀或羁押人员要有记录，军事法庭后续审判定案。”
对尚方剑施加了很多限制，朱由检不觉得平时需要用尚方剑，甚至只要上下能够理顺，战时用尚方剑的可能也不大——
这东西更多的是显示皇帝的信重，代表着节制诸将的权限。
命袁可立制定具体条款，规定可以用尚方剑处理的权限，袁可立询问道：
“辽东督师、辽东提督、辽东护军使都有尚方剑。”
“若是三人同时在场，应该如何决断？”
朱由检思考了一下，说道：
“同时存在的尚方剑，以官阶最高的有效力。”
“辽东督师、辽东提督、辽东护军使共同在场时，按顺序依次排列。”
“辽东督师在场，那就由辽东督师决断。”
“辽东督师不在、或者无法视事，那就由辽东提督决断。”
“辽东督师和辽东提督都不在，就由辽东护军使决断。”
“如果是战时，可以代表朕把尚方剑临时授权给总兵，由总兵担任前线总指挥，节制其他将士。”
划定指挥顺序，朱由检又觉得这样有些粗疏，说道：
“按照以往功劳任命总兵、副总兵等武将，为他们授予勋级散官加衔。”
“平时各军要拟定指挥顺序，明确接替顺序。前一指挥人选阵亡或无法视事时，由后一位接替。只要军队人数在百人以上，至少要拟定五位指挥人选。”
“各军合兵之时，如果上级没有明确交待指挥人选。那就以职位高者指挥职位低者，职位相同比较勋级，勋级相同比较散官，散官相同比较加衔。”
“总之，各军要上下分明，令行禁止，不得推诿误事。”
这是军队指挥体系的大调整，袁可立虽觉得这样上下分明，不至于战时没有领头人。但是军中推诿、观望的事情，不是一时半会儿能够改变。
甚至，因为合兵之后指挥明确，一些军队有可能远远观望，干脆不去合兵。
对于这个问题，朱由检的办法就是设置各级护军，让护军逼迫总兵、副总兵等武将，必须执行军令：
“各级护军负责军中内政，没有指挥权限。”
“但是他们有权监督军令执行，如果主将推诿不前，护军有权催促，甚至以违背军令解除主将职权，按指挥顺序由其他将领替代。”
“护军使和护军都尉上任时，可从警卫司申请一队警卫，帮助军中执法，守卫自身安全。”
“护军和警卫如有死伤，锦衣卫追究到底。”
这个措施，让护军这个文职军官体系，更加深入军中。统领他们的护军使，职权自然更大。
袁可立作为文官，不可能不支持这个政策，当即就表示护军可以拥有这个权限，监督武将行动。
朱由检这样约束武将，其实也是不得已。以大明现在的状况，武将是不得不用的，要给他们地位。
但是一味提高武将的地位而不加约束，却又会引发很多问题。
尤其是一些武将不知敬畏，立下功劳就会跋扈自大，朱由检既要小心他们军阀化，也要小心他们的亲信部下在地方横行无忌，肆意扰乱地方。
就像西北剿匪，朱由检并不担心能否取胜的问题。更担心的是兵过如篦，剿匪的同时把地方劫掠一遍，逼更多的人造反。
之前的川贵总督张我续，就被人弹劾“师无节制，淫掠较贼更惨”。
这种劫掠百姓的行为，被朱由检深恶痛绝。所以他仿照后世的政委设置护军，让护军保护军队的同时，监督军队纪律。
同时以锦衣卫率领卫尉署，负责军中执法。
西北剿匪工作，要在护军使和镇抚使上任，把军队整训一遍后，才能彻底展开。
想起镇抚使，朱由检又感觉辽东需要有人主持执法工作，下令道：
“在山海关设东北镇抚使，直辖辽东卫尉署，负责情报和执法工作。”
“东北镇抚使以锦衣卫指挥担任，兼理后金、草原、朝鲜等处情报。凡是涉及三個地方、有关东北战局的情报，东北镇抚使都有权搜集获取，并把相关情报提供给辽东督师参考。”
“前锦衣卫指挥同知、南镇抚司掌司事张道浚，起复为锦衣卫指挥佥事、东北镇抚使。”
“金吾卫世袭百户骆养性，担任辽东卫尉署都尉，负责辽东执法。”
对锦衣卫和卫尉寺的事情一言而决，朱由检又向袁可立道：
“辽东卫尉署的组建，袁卿要帮衬点。”
“辽东廷尉署也要及时组建，单独设立军事法庭。”
“辽东监军署和下属的廉政、审计、检察、调查机构，也要及时组建。”
“总之，辽东各部门都要完善，朝廷每年拨付的几百万钱粮，大明百姓上交的辽饷，不能不明不白。”
“孙承宗说过‘以辽土养辽人’，让他尽快想办法。”
孙承宗当年督师辽东，提出的最响亮的口号，就是“以辽人守辽土，以辽土养辽人”。
应该说，这个策略很明确，而且实现了一半。“以辽人守辽土”如今基本是完成了，朝廷没有再四处调兵，继续引发西南奢安之乱、西北溃兵匪患那样的乱子。这是孙承宗对大明的功绩，应该予以肯定。
但是，“以辽土养辽人”，见效就比较慢了。孙承宗主政辽东时还尽力屯田，提高辽东自给能力。他离开之后，接任的辽东经略高第尽弃山海关外二百里，诱发后金大举进攻，如何还能安安稳稳屯田？
如今朝廷每年给辽东拨付数百万钱粮，而且要一直持续下去。沉重的辽饷负担，要一直压在大明百姓身上。
朱由检对此极为不满，但是又不敢随意查账，直到现在把阉党赶下去，把袁可立、孙承宗等召回来，才决定要对辽东下手，尽量节约军费。
这件事关系太大，袁可立也不敢承诺孙承宗能做好。
朱由检思考之后，决定既往不咎，说道：
“以前的事情朕不想追究，但是从崇祯元年开始，辽东要账目清晰，朕要知道每一两银子、每一石粮食发到哪里？”
“护军使负责军中内政，后勤钱粮等事务，由护军使率领各级护军负责。”
“如果这件事办不好，朕就追究辽东督师和辽东护军使的责任。”
“以前辽东巡抚负责的民政事务，也交给辽东护军使负责。”
“诸位都议一议，辽东护军使这个职位，有谁可以胜任？”