直接任命大理寺右少卿并不符合惯例，但是这时候却没有人反对。
皇帝的“人人过关”表态，让一些痛恨阉党的官员暂时停止了穷追猛打，也让一些阉党官员放下了心。
他们大多和四位大学士一样，虽然依附阉党、却没有参与魏忠贤谋逆的事情。皇帝连四位大学士都放过了，自然也不会重罚他们。
但是另一些人，那就有些惶惶不可终日了。像是周应秋、田吉等人，皇帝说着九卿留任，却在先前就罢免了他们。这让他们心中，如何能放得下？
尤其是刑部尚书薛贞，在皇帝下令重新审查耿如杞、胡士容等人的案子时，就感觉有些不安。待到皇帝要从三法司开始人人过关时，他知道自己无论如何，都不可能过了这一关：
“我是东林党人，为了保命依附阉党，判过的冤假错案不知凡几。”
“这次清查三法司，怕是要拿我问罪！”
到了如今这个地步，薛贞知道自己被皇帝拿去杀鸡儆猴的可能性很大，就像之前的文选司郎中周家椿一样。
但是他心中还期望皇帝能留自己一命，没有自杀认罪的勇气。
为了讨好皇帝，给自己定罪轻一点，薛贞主动请求道：
“陛下，刑部、都察院、大理寺这三法司事务繁杂，而且多有交叉。”
“臣请求将刑部等三法司事务，交由常参会议决定！”
朱由检闻言一喜，看向都察院和大理寺。
都察院左都御史房壮丽刚刚转任吏部尚书，如今管事的是协理院事的左副都御史许宗礼。此人是万历四十四年进士，因为依附阉党快速升迁，如何敢在这时出言反对。
大理寺卿张九德虽然和阉党牵连不深，却同样是依靠阉党升官。他相信如果自己敢反对的话，皇帝会毫不犹豫地在清查大理寺时把自己罢免。所以他当即就表示同意，把大理寺事务上交常参会议。
如此一来，朱由检能用常参会议决定的事务又增加了一块，而且是在清查阉党时很重要的三法司。
眼看六部中的吏部、兵部、刑部都将事务上交常参会议，甚至连都察院、大理寺也把事务上交。和阉党牵连很深的礼部尚书来宗道、户部尚书郭允厚、工部尚书薛凤翔，同样将本部事务上交常参会议。
朱由检之前设立的常参会议，终于完全获得了干预六部事务的权力。在魏忠贤被罢免、司礼监掌印王体乾和内阁四位大学士需要自己力保的当下，朱由检完全能在常参会议上把内阁和司礼监当摆设，按自己的想法，决定六部事务。
可以说，在他一步步的谋划下，他实现了明太祖朱元璋最初罢免丞相的目的——直接管辖六部。
“这种局面不可能持久，文官不会允许他们辛辛苦苦确立的内阁制度成摆设。”
“我要用这段时间，尽可能完成调整。”
知道这是阉党倒台的真空期才获得的权力，也没有像太祖皇帝那样一直当劳模的想法。朱由检决定这段时间勤快一点，尽快按自己的想法调整六部。
上午常朝结束后，朱由检在下午立刻在武英殿召开常参会议，处理三法司事务。
因为要审查官员，吏部同样与会。从大理寺卿开始，对大理寺官员一个一个审查。
“魏忠贤权倾朝野，朝堂上的官员大部分都和他有联系。”
“这些人不可能人人参与逆案，为了快速审查，要先定下审查的原则。”
坐在武英殿中侃侃而谈，朱由检此时彻底没有了顾忌，直接把自己的意志灌输给群臣：
“这个审查原则，朕称之为二阶层四要件。”
“所谓的二阶层，一是客观违法阶层，没有违法行为那就算是过关，不用继续审查。”
“有确切违法行为的，再进入下一个阶层：主观责任阶层，确定具体责任。”
“所谓的四要件，是指在定罪时，要满足犯罪主体、犯罪的主观方面、犯罪客体，犯罪的客观方面这四個要件。”
“只有四要件完全满足时，才能定为犯罪进行追罚。”
将自己粗略了解的一些法学知识道出来，朱由检希望他们先适应这种思维。以后他必然会对大明的法律和司法审判体系进行调整，要有足够的人才。
能适应这种思维的，以后自然要留在三法司。不能适应这种思维的，就只能转任其他职务。
向群臣大概讲解了一遍，朱由检又拿实例解释：
“遵化兵备副使耿如杞的案件，事情的缘由是他不愿对魏忠贤像下拜。”
“但是这个缘由不能拿到台面上说，耿如杞也没有以此定罪，他的罪名是‘坐赃六千三百’。”
“这件事查明了没有？”
薛贞急忙说道：
“已经查明了，耿如杞确实非法获得六千三百两财物。”
“先前已经追回，用于修筑三大殿。”
朱由检又问其他人：
“是这样吗？”
“有没有其他异议？”
大理寺卿张九德心中不忍，说道：
“虽然非法获得财物，但是判他斩监候也太重了。”
大理寺左少卿姚士慎，同样认为判处斩刑过重。
上午刚任命的大理寺右少卿周家椿，更是直言道：
“虽然耿如杞确实有些非法财物，却远远没有六千三百两那么多。”
“追回的六千三百两赃物，大多是他的亲友凑的。”
“更何况耿如杞非法获得的财物，大多是官场惯例。”
“陛下若以此追究，恐怕人人自危！”
朱由检微微点头，知道大明如今的情况可以说是无官不贪，称得上制度性腐败。耿如杞这样连六千三百两都需要亲友凑集的，已经算是清官了。自己若以此定他的罪，恐怕全天下的官员没有几个能脱罪。
直接放过不合法，按太祖定的律法又会让官员人人自危。朱由检想了一会儿，说道：
“朕打算在都察院设立廉政总署，专门负责廉政、反贪事宜。”
“官员可以将自己的财产和收到的孝敬定期申报，将不合法的收入上交，朕会特赦免罪。”
“耿如杞以前是按察副使吧？问问他愿不愿第一个申报。”
“如果愿意的话，朕就特赦他的罪名，让他担任监察御史，负责廉政总署组建。”
这个决定一出，其他人称颂皇帝宽大，薛贞也放下心来。因为这意味着皇帝认为耿如杞有罪，只是因为无法追究下去，才特赦了他的罪过。所以他判耿如杞斩监候不是什么过错，皇帝不会在这点追究自己。
果然，皇帝没有在这件案子上纠缠，拿耿如杞的案子解释了一下二阶层四要件原则后，便开始“人人过关”：
“魏忠贤谋逆的事情，朕已经命人查办。”
“所有附逆的官员，都要受到惩罚。”
“大理寺卿张九德……”
听到自己的名字，张九德心中一颤，只听皇帝说道：
“你虽没有直接参与逆案，却曾上疏称颂魏忠贤，有客观附逆行为和主观附逆倾向。”
“魏忠贤若是谋逆，你就有从逆可能。”
“念在魏忠贤谋逆未遂、你也没有犯下大罪，朕就革去你的官职，以后冠带闲住吧！”
“原有加衔荫袭、散官勋级等等，一并予以革除。”
闻言险些瘫下来，张九德心中苦涩，却又难以解释。
上疏称颂魏忠贤的事情，朝堂和地方上的大臣几乎都曾做过，皇帝以这个理由让他冠带闲住，让他不知道说什么好。
但是皇帝说魏忠贤若是谋逆，他就有从逆可能，张九德又难以辩解。如果纠缠下去，马上就会有人弹劾他不忠，追究其他责任。
就这样，从张九德开始，朱由检将大理寺曾经上疏称颂魏忠贤的官员一个个点出，同样冠带闲住。
这些结束之后，大理寺还没有人人过关，朱由检又让杨景辰审查一年一迁甚至一年数迁的官员，把这些非正常升迁的官员，降低品级使用。
整个大理寺的官员，都被梳理了一遍。
看着精简许多的官员，朱由检又看向张九德，下命令道：
“原大理寺卿张九德，避免宁夏兵变、修筑灵州河堤、在延绥修边有功，起复原职大理寺卿，加正三品承政使衔。”
“望卿好好办事，不要让朕失望！”