十月七日，朱由检为天启皇帝上谥号达天阐道敦孝笃友章文襄武靖穆庄勤悊皇帝、庙号熹宗。
最初礼部拟定的是僖宗哲皇帝，朱由检想到周僖王、唐僖宗都没有什么好名声，不愿给皇兄这么差的庙号，御笔改僖为熹，改哲为悊，含义稍好一些。
谥号庙号确定后，天启皇帝彻底成了过去式，朝堂进入了朱由检的时代。
内阁大学士黄立极等人请开经筵及日讲，朱由检不愿在大冬天召开复杂的经筵仪式，也不愿在这时选定知经筵事或同知经筵事，以寒暑暂免的惯例，把经筵放在明年春天开始。
同时，为了不给人留下不爱读书的印象，朱由检定在十六日常朝后，举行第一次日讲，以后除了朝会日期外，每日举行讲读。
然后，朱由检封自己生母的弟弟刘效祖为新乐伯、刘继祖为锦衣卫都指挥同知，他们的儿子刘文炳、刘文耀等人也都封为锦衣卫指挥同知，在里面领取俸禄。
皇后的父亲周奎，也被封为都督同知，等待以后封爵。
同时朱由检也追尊万历皇帝的选侍李氏，也就是所谓东李娘娘，曾在朱由检生母去世后抚育他。这位李选侍在天启元年二月封庄妃，被宫中太监气得愤郁而亡。朱由检感念她的养育之恩，赐她弟弟田产，授予公士爵位。
然后，朱由检又封赏自己身边的太监，荫司礼监秉笔太监徐应元弟侄一人锦衣卫都指挥同知，太监王文政、王国泰、王永祚各弟侄一人锦衣卫指挥使。
其他潜邸太监王佐、陈秉政、齐本正等人也都各有封赏，不过对他们朱由检就没有那么大方了，大多只给他们的弟侄公士爵位，只有社会地位，但不发放俸禄。
甚至，对徐应元等人朱由检也不想发放世职，只是魏忠贤封出去的荫袭太多，朱由检太小气难以笼络他人，只能先赏给他们世职了。
然后，在魏忠贤上交捐纳公士搜刮来的价值百万两银子的钱粮后，朱由检正式批复魏忠贤等人上奏的东江功劳，魏忠贤、王体乾、徐应元、崔呈秀等人，各荫锦衣卫指挥同知。
这让魏忠贤心中大定，知道皇帝仍旧需要自己。无论是林丹汗封贡还是搜刮为天启皇帝建陵墓的钱粮，他都完成得很好，皇帝也已经接纳他，把他排在徐应元前面。
自忖皇帝还需要在全国各地搜刮钱粮，不会轻易处理自己。再加上十月五日杨所修指挥陈尔翼搅浑水，想把东林余孽搅进来，魏忠贤觉得朝堂上有一股暗流，自己要尽快解决崔呈秀的事情，把罪责推在他身上，消除身上隐患。
所以就在十月十四日，云南道御史杨维垣上疏，弹劾兵部尚书崔呈秀立志卑污、居身秽浊、与旧辅冯铨争权有隙等等。极力诋毁崔呈秀，夸赞魏忠贤的忠心，甚至把外面传言的天启皇帝驾崩时魏忠贤和崔呈秀有阴谋也解释了一下，把脏水都泼到崔呈秀身上。
里面写的“误信呈秀”等语，让朱由检看了很是好笑，不知道这封奏疏的目的是弹劾崔呈秀、还是为魏忠贤辩解。
想到杨维垣曾经首先提出重新评价三大案、引出《三朝要典》编撰，朱由检对他的目的也猜出了几分。无外乎是和崔呈秀切割，把罪责推到他的身上，保住阉党其他人。
想到袁可立还在路上，用这封奏疏赶走崔呈秀的说服力也不够，朱由检批复杨维垣“率意轻诋”，责怪他没有证据胡乱弹劾，没有拿这封奏疏问罪崔呈秀。
但是崔呈秀却被这封奏疏吓到了，知道魏忠贤和阉党在把罪责推到自己身上。本来一个月都没能回乡就让他感到不安，这封奏疏更让他的不安增长到了极致，知道如果自己不想办法，可能根本就回不去。所以他立即上疏辩解，请求回乡守制。
朱由检当然不会批，否决了他的请求。他知道只要崔呈秀被继续弹劾下去，各种罪状早晚都会揭露。到时候阉党的末日，很快就会到来。
所以在朱由检看来，无论杨维垣是不是阉党、也不管他的背后是谁，那些事都不重要。重要的是他的奏疏意味着，越来越多的科道官员对阉党大臣发起攻击，很快会形成风潮。到时候，就算魏忠贤和其他阉党官员想要切割，也根本不可能割开。
只是，让朱由检有些失望的是，十月十五日的朔望朝上，仍然没有阉党之外的官员站出来弹劾崔呈秀，这让他觉得火候仍旧不够，自己还要等待。
所以朱由检耐着性子，在十月十六日举行日讲，开始作为帝王的学习。听讲官讲读《大学》、《尚书·尧典》、以及张居正编撰的《帝监图说》等书。
到了十月十八日，又是杨维垣的上疏。这次他仍是弹劾崔呈秀，却没敢按皇帝的批复说出崔呈秀的犯罪证据，只是说他勾结内侍。
疏内对崔呈秀的弹劾浅尝辄止，对魏忠贤则大加称赞，说什么“厂臣公而呈秀私，厂臣不爱钱而呈秀贪，厂臣尚知为国为民，而呈秀惟知恃权纳贿”，看得朱由检都觉得肉麻，不知杨维垣是不是为了夸魏忠贤，才专门写了这奏疏。
但是正因为此，朱由检对这封奏疏却不好批复。按照他的本意，是要把这封奏疏批回去让事情继续发酵的。但是这样一来，似乎显得自己对杨维垣夸赞魏忠贤不赞同，不想让他们完成切割。
考虑到魏忠贤和阉党与崔呈秀切割的心思显露无疑，也为了进一步放出信号，朱由检最终在奏疏上批示“令静听处分”，明确自己态度。
这个态度一出，崔呈秀的心反而放下了一点，知道魏忠贤和阉党都没有赶尽杀绝的意思、皇帝也打算放自己回去。急忙又写了奏疏，请求回乡守制。
这份守制请求，朱由检自然是批准了。在十月二十一、袁可立即将到京的时候，朱由检正式免除崔呈秀的兵部尚书等职务，让他回乡守制。